Takaki poznaje Akari, gdy ta dołącza do jego klasy w szkole podstawowej. Od razu staje się jasne, że doszło do spotkania dwóch bratnich dusz. Łączą ich wspólne pasje, wrażliwość i skłonność do bujania w obłokach. Zaprzyjaźniają się błyskawicznie, a z czasem zaczynają czuć do siebie coś więcej. Na drodze rodzącej się miłości staje jednak wyprowadzka dziewczyny. Lata mijają, drzewa wiśni obumierają i zakwitają na nowo, a Takaki i Akari powoli oddalają się od siebie. Choć pojawiają się nowi przyjaciele, studia, kolejne związki, aż wreszcie obowiązki dorosłego życia – nic nie jest w stanie sprawić, by Takaki zapomniał o swojej pierwszej miłości. Czy uda mu się jeszcze kiedyś spotkać z Akari i wyznać jej to, co skrywał przez lata?
Po premierze Pięciu centymetrów na sekundę Makoto Shinkai nie bez powodu został okrzyknięty następcą Hayao Miyazakiego. Obaj twórcy potrafią dostrzegać niezwykłe piękno w prostych, pozornie nieznaczących rzeczach: drobnych gestach, przekwitających drzewach czy szumie wiatru w śnieżną noc. Szczególna wrażliwość połączona z zapierającym dech w piersiach, baśniowym stylem animacji stała się znakiem rozpoznawczym Shinkaia – twórcy nie tylko Pięciu centymetrów na sekundę, ale również Twojego imienia czy Suzume.
… drzewa wiśni, nazywane po japońsku sakura, kwitną przez zaledwie dwa tygodnie w ciągu roku? W japońskiej sztuce i kulturze symbolizują odnowę, ale również przemijanie i ulotność życia.