W tytułowym mieście w Mali nad rzeką Niger władzę przejęli dżihadyści, którzy narzucają mieszkańcom terrorystyczny reżim. Nie wolno palić papierosów, tańczyć, śpiewać, słuchać muzyki. Zakazana jest nawet gra w piłkę nożną. Najbardziej poszkodowane są jednak kobiety, które zostają niemal całkowicie wyłączone z życia publicznego. Kisane i jego rodzina jako nieliczni zostali oszczędzeni przez nową władzę. Sytuacja zmienia się jednak drastycznie, kiedy mężczyzna nieumyślnie zabija sąsiada. Teraz musi stawić czoła konsekwencjom, które wyciągną przedstawiciele nowego reżimu. Timbuktu zostało okrzyknięte ważnym głosem w sprawie ekstremizmu religijnego, jednego z największych zagrożeń współczesnego świata. Reżyser prostymi środkami osiąga piorunujący efekt. Film przypomina o tym, jak groźna jest generalizacja, kiedy mowa o niebezpieczeństwach płynących z ekspansji radykalnego islamu. Jego ofiarami padają także wyznawcy tej religii, którzy pragną jedynie pokoju i spokoju.